По симптомам похоже что мусор в баке периодически перекрывает линию всасывания.Когда двигатель заглох сразу же проверить есть ли подача в трубку после электронасоса подкачки. Не ясно какой двигатель-коммонрейл или ТНВД. Там есть варианты