Так он и должен при запуске сразу в S режим вставать. Это срабатывает функция прогрева. Она всегда включается при запуске при температуре антифриза ниже, чем +30 градусов. Прогрев продолжается либо 10 мин, либо пока не прогреется антифриз выше +30. Или пока сами не отмените прогрев, переключив рабочий режим с S на какой-нибудь другой. Так что это нормально. Но вот обороты на режиме прогрева должны быть 1200 об/мин, т.е. заметно ниже, чем у вас.
А вообще как шаговый мотор нормально отрабатывает? Т.е. обороты нормально переключаются? Все логично? Низкие и высокие соответствуют спецификации? Просто если бы тросик от шагового мотора перетянут был, то у вас и низкие холостые ушли бы в сторону увеличения.