Ну я бы первым делом еще раз пересмотрел то, что затрагивалось при ремонте, а дальше последовательно смотрел бы контур низкого давления на наличие топлива и воздуха от бака и до ТНВД. Была у меня такая проблема на одном МАНе -воздушила подкачка, причем проявлялось без всякой системы.