Добрый день.
Ну если Вы говорите, что педаль не работала ранее, затем заменили контроллер, и опять педаль не работает, так может дело все же в педали? Вы применяете новые запчасти или "новые" с других машин? Как я говорил, сигнал с педали идет напрямую в МС, и если на двух МС обороты двигателя не регулируются проверяйте работу педали, провода в жгуте и плотность соединений. Чудес не бывает... Напряжение питания датчика педали +5 В, на сигнальном проводе от 0,5 до 4,5В правильно? Третий, массовый провод с рамой соединен хорошо? Кстати, не стоит исключать и проблему в ЕМС, т.к. ЕМС как раз непосредственно управляет оборотами двигателя...