Ну раз без и под нагрузкой перебои в районе 1300, выхлоп- "невнятный"-это какой?, вибрация, задыхается.
ТНВД, форсы новые, при подсоединении топлива обходили все лишнее.
В какой бы последовательности я искал: для начала все же клапан отсечки, посмотрел управление опережением впрыска (температурный датчик а от него провода к тнвд), отсоединил впускной патрубок от турбины, отсоединил выхлоп от турбины.
Далее бы думал. Вообще интересный случай, вы обязательно отпишитесь, как найдете.
По трубке от коллектора к насосу- сльно изменений и не увидите, это при нагрузке ощущается.
Еще вы писали, что на ходу дергаешь ковш и он рыкает- это при каких оборотах?