Добрый день.
Может конечно проблема и в контроллере трансмиссии, но для начала проведите несколько проверок. Давление управления трансмиссией в норме? Если трансмиссию перебрали и все сделали правильно, проверьте работу блока управления трансмиссией. Фильтры в любом случае проверьте и замените. Проверьте состояние контактов жгутов проводов от контроллера трансмиссии до клапана управления трансмиссией.