Согласен, обратный ток по любому появляется в катушке при отключении. Для защиты от этого, обычно параллельно катушке устанавливается диод (либо непосредственно в разьеме катушки либо на плате управления).
Но опять же повторюсь, не вижу гидравлических процессов в коробке, которые могли бы повлиять на электрическую часть машины. Но как говорится, могу и ошибаться.