Принципиально иногда бывает. В сварке навскидку 2 тонких узла: гидроцилиндры и подшипники. Рассмотрим на примере гидроцилиндра. Допустим, Вам надо проварить верхнюю проушину какого-то гидроцилиндра. При этом, плюс сварочника ("масса" при прямом включении, но не в этом суть) прицепили к низу цилиндра. Ток идет через цилиндр по следующему пути: нижняя проушина - гильза - букса - шток - верхняя проушина. В переходе букса-шток на современных цилиндрах нет контакта штока и металла буксы (шток ходит по так называемым "скользячкам"). При совпадении некоторых условий в этом месте возникнет пробой, т.е. образуется маленькая, но сварочная дуга. Вот Вам и точки на штоке.
Также надо стараться миновать прохождение сварочного тока через подшипники.
Все это описание я додумал только что на основании наблюдаемых эффектов. Вероятно, в чем-то неправ.

Отключая "массу" АКБ во время сварки, мы только предохраняем проводку, АКБ, компьютеры от нежелательных эффектов. И к рассмотренному это отношения не имеет.