По упрощенке можно платить двумя способами:
I вариант, когда объектом налогообложения выбраны доходы, - ставка 6%.
II вариант - доходы, уменьшенные на величину расходов, - ставка 15%. Законами субъектов РФ могут быть установлены дифференцированные налоговые ставки в пределах 5-15%.
Обращаем внимание!
На территории Санкт-Петербурга для организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения, в случае, если объектом налогообложения являются доходы, уменьшенные на величину расходов, установлена налоговая ставка в размере 10%.
При использовании второго варианта объекта налогообложения установлен минимальный налог в размере 1% налоговой базы, т.е. доходов, определенных в соответствии со ст. 346.15 НК РФ.

Поэтому первоначальные документы о покупке необходимо хранить и по результатам расчётов делать выбор, какую налоговую ставку выбрать.
Если бы цена покупки была выше цены продажи и это было документально доказано, то пришлось бы заплатить всего 1%, а не 6%, на которые огорчился автор поста. А если скрыть деятельность, то вообще бы ничего не пришлось платить, а только вовремя показать в налоговой продажу.