НДС налог "возвращаемый", т.е. в цепочке продавец-покупатель продавец получает с покупателя n-ную сумму, в которой учтен НДС, который он потом возвращает от государства. Покупатель же уплачивает данный налог в казну. Т.о. предприятие, если работает с прибылью, уплачивает НДС со своей выручки и возвращает с государства по тем суммам, которые перевел своим поставщикам, оставляя в казне разницу по данным суммам. Затраты предприятия фиксируются в учете без НДС, т.е. налог выведен за процесс формирования прибыли (грубо, выручка без НДС минус затраты без НДС). И если сделка происходит без участия НДС с контрагентом, который на это имеет право, то и в учете уплаченные контрагенту средства просто падают в затраты организации, или на себестоимость. В данном случае ни возврата ни уплаты НДС не происходит. Т.о. если заказчик хочет обязательно отразить НДС, то его личные "трудности" или маленькая зарплата у ленивого бухгалтера. Стоит напомнить, что все участники рынка вне зависимости от формы собственности работают под одним законом - Гражданским кодексом РФ за исключением прямого запрета на ту или иную форму деятельности (например, ИП не сможет заниматься банковской деятельностью), но в Вашем случае таких запретов нет и требовать в данном случае от Вас менять собственную форму работы никто не может.